单从保健的角度来看，宝宝拉肚子常吃益生菌也许并不是个好主意。目前有关益生菌有副作用的报道不多，但这并不意味着益生菌没有副作用。其实每个人体内都有自己的益生菌，但如果自身肠道环境恶劣，自身的益生菌就会无法存活，这时候你补充再多的益生菌也都无法存活。另外，益生菌也并非越多越好，因为肠道内的菌群总是需要维持平衡态，过多的益生菌会被排出体外。
其实，益生菌是对人体有益的细菌的总称，肠道内正常菌群内的益生菌可以合成很多B族维生素，分泌很多分泌型免疫球蛋白A，来调整肠道局部和全身免疫功能。益生菌可直接作为食品添加剂服用，或添加在奶粉中以维持肠道菌群的平衡，从而起到维护儿童健康的作用。
宝宝出生前所处的环境（妈妈的子宫）是无菌的，但等宝宝出生后，他接触到的自然环境中的各种微生物（细菌、病毒）等就会逐渐寄存在宝宝的身体内。存在于肠道的正常菌群为类杆菌、双岐杆菌、大肠杆菌和肠球菌等，其他还有少数过路菌，如金黄色葡萄球菌、绿脓杆菌等。在正常情况下，这些微生物会互相依存，互相制约，维持平衡，保持一定的数量和比例。这就是人体肠道内的“正常菌群”，它将伴随人的一生。
在肠道菌群中，各种细菌都有其生存部位。如果大肠杆菌数量一定，正常生存在肠内，就不会对人造成危害。如果因为各种原因，这种动态的平衡遭到破坏（失衡），宝宝的营养状况、生理功能、抵抗疾病的能力就要发生变化，这时就有可能出现各种问题或毛病。只有人体内各种细菌的生长繁殖和代谢过程正常有序，处于一种动态的平衡状态时，宝宝才能保持健康。
在人的一生中，随着年龄的不同，肠道菌群的种类，数量也在变化。婴儿阶段，肠道内最主要的好细菌是双歧杆菌，它的数量在婴儿肠道内占90%以上，对维持婴儿稚嫩的肠道和消化功能起非常好的作用。双歧杆菌的酸性产物，能使肠道维持酸性的内环境，不利于有害菌生长，同时，酸性代谢产物也会刺激肠道蠕动，所以，婴儿每天会拉数次没有明显臭味的黄色大便。
宝宝体内的免疫系统还不成熟，生病总是难免的，不过，给宝宝治病时，常会用到一些抗生素等杀菌药物，这些药物在杀死病菌的同时，也会破坏体内益生菌，在一定程度上“伤害”了宝宝。当体内益生菌减少了，宝宝就会出现胃口不好、大便不正常、无精打采，有害细菌就会乘虚而入，出现病后又病的恶性循环。此时，适当补充益生菌多半是有益的。
目前市场上的益生菌产品包括：含益生菌的酸牛奶、酸乳酪以及含多种益生菌的口服液、片剂、粉末剂等等。
好的益生菌产品必须具备以下3个标准：
1. 益生菌有很强的活性。因为只有活的益生菌才能对人体有效。
2. 活的益生菌的单位数量足够多（婴儿需要补充5亿株/天）。
3. 该益生菌产品明确说明有保健作用。
另外，益生菌产品的包装上还必须有正式批准文号、储存指示、包装批号或产品代码、益生菌的属种（包括菌株数量和名称）。如果用商品名称来识别益生菌，那么实际的属种也应该包含在产品标签上。
益生菌若要对人体产生有益作用，必须先通过胃环境才能达到肠道。由于在胃酸和胆汁的作用下，大部分益生菌会死亡，所以，很多益生菌产品要求在饭前服用，这是因为饭前胃酸相对较少，饭后胃酸会增多。
一般益生菌应在医生指导下服用，大多使用时间为1～2周，对于年龄小、体质弱、腹泻迁延不愈或有严重过敏现象的也可以使用1～2个月。儿童的健康状态是依靠营养、护理等综合因素调整，而不能依赖药物。事实上，国外研究已经有因使用益生菌制剂不当引起的过敏反应的报道，益生菌制剂不宜跟一些药物（如抗生素）联合使用。所以，单纯为保健的目的，不建议给孩子长期使用益生菌制剂。
